זרעי הפשתן מהווים מקור טוב לאומגה 3. זרעי הפשתן מכילים כמויות גדולות של סיבים תזונתיים ומטפלים במצבי עצירות ובצרבות. חומצת השומן ALA אשר בגוף הופכת לאומגה 3 נמצאה במחקרים כטובה לשמירה על כלי הדם, הפחתת מצבי דיכאון והגנה למחלות לב. זרעי הפשתן מאזנים את רמות השומנים בדם. זרעי הפשתן טובים למחלות הנובעות מעודף אסטרוגן, כגון תסמונת טרום וסתית, סרטן השד והערמונית. זרעי הפשתן ידועים כמסייעים בגלי חום לנשים בגיל המעבר. זרעי הפשתן מסייעים לספיגת הפשתן בעצמות.